Бразильський захисник розпочинав свій шлях із академії клубу з 13 років.
Стало відомо, що бразильський клуб «Флуміненсе» збирається перейменувати стадіон клубної академії на честь одного з найвідоміших її випускників – Марсело.
Марсело виступав за основну команду «Флуміненсе» з 2005 по 2006 рік, після чого перейшов у мадридський «Реал». Після успішної кар’єри в Європі, бразилець повернувся на батьківщину та приєднався до рідної команди, за яку грає з лютого 2023 року.